Isaszeg közvetlen környékén az első emberi települések nyomai az újkőkorban, vagyis mintegy 5 ezer évvel ezelőtt jelentek meg. A község belterületén a rézkortól, tehát nagyjából 4 ezer éve csaknem minden népcsoport megtelepedett. A szkíták és a kelták után a vidékünkön letelepedett szarmaták - a római birodalom fennállása alatt nagyjából 3 évszázadon keresztül - a rómaiak legkitartóbb ellenségének bizonyultak. A birodalom határvonalánál, pontosan a Duna-könyök táján építették ki a rómaiak a legerősebb erődrendszert a limest, hiszen itt nehezedett a legerősebb nyomás a birodalomra. A 300-as évek elején megjelenő germán és vandál törzsek fenyegetését Róma úgy próbálta kivédeni, hogy a régi ellenséggel , a szarmatákkal szövetséges viszonyt kialakítva, közreműködött a szarmata területet körülölelő védelmi rendszer, a Csörsz-árok megépítésében. Ennek a sáncrendszernek a déli ága községünk határában húzódik a Dunától a Tisza irányába. Ez az előkerült szarmata leletekkel, római pénzekkel együtt bizonyítja a hely fontos stratégiai szerepét.
A népvándorlás korában vidékünket a hunok, majd az avarok népesítik be. A magyar honfoglalás előtt a dunai bolgárok által uralt avar és frank hűbéres morvaszláv népek területének határvidéke. 895-ben a magyar honfoglalás nyomán Isaszeg területe a Megyer törzs szállásterületéhez tartozik.
1265-ben IV. Béla király és fia V. István között Isaszegnél csata zajlott le. A község nevének első okleveles emlitése 1274-ben : Ilsuazyg . Ekkoriban a terület birtokosa Sándor szebeni és dobokai ispán volt. Az 1400-as évektől a Domoszlói család birtokolja a falut. 1430-ban Zsigmond király elzálogositja Isaszeget a Rozgonyi családnak. A falu birtoklása a későbbiekben többször változott. 1529-ben a Báthory-család ecsedi ágának lett a birtoka.
Buda elfoglalásával Isaszeg is török uralom alá került. A település nevével az adóösszeírásokban többször találkozunk. A török uralom alatt a lakosság egyre fogy, a török világ utolsó szakaszában Isaszeg már lakatlan pusztaság volt. A török uralom megszünése után 1690-ben németeket telepítettek le ezen a területen. A település Verlain Ferenc császári kamarás birtoka lett. 1723-tól 1837-ig a Grassalkovich család birtoka volt községünk. Közben 1735-ben szlovákokat és lengyeleket telepitenek le Isaszegen.